刚转到新学校的“阿哲”内向寡言，偶然发现学校废弃的旧校舍里，每到周三深夜就会亮起灯光。他偷偷潜入，发现这里竟然在进行着一场“秘密授课”——一位穿黑色斗篷的神秘讲师，正在为几个学生讲解着超乎常理的“世界法则”：如何用情绪影响现实、如何读懂他人的潜意识。阿哲被深深吸引，加入了他们。随着学习的深入，他发现自己所在的学校、甚至这个世界都远比表面看起来复杂，而这场授课，正是为了培养能够改变世界规则的“觉醒者”。
最后一课上，讲师揭开了“世界法则”的面纱——这个世界是一个巨大的意识模拟场，而他们这些学生，是系统选中的拥有“自主意识”的个体。他们的使命，是去唤醒更多的人。
阿哲在学习了情绪控制法则后，与班上欺负他的同学发生冲突。他第一次尝试在现实中运用这些法则，强大的情绪波动差点让整栋教学楼陷入混乱，这让他意识到了力量的危险性与责任。
阿哲无意中发现了讲师的一本旧笔记本，上面记录了讲师也曾是一名普通学生，因为觉醒了“意识”，而被这个世界视为“漏洞”。他一直在寻找同类，并试图建立一个属于“觉醒者”的庇护所。
学校里出现了一个在调查“秘密授课”的神秘老师。阿哲和同伴们不得不更加小心行事。在一次险被发现的遭遇中，他们学会了用“意识屏障”来隐藏自己的行踪，变得更加团结。
在讲师的指导下，阿哲第一次成功潜入了他人的潜意识。他看到了同桌女孩内心深处的恐惧——她害怕孤独。阿哲在现实中开始主动关心她，两人的关系因此变得亲近起来。
阿哲第一次参加授课，讲师让他用“意念”去移动桌上的一杯水。阿哲觉得荒谬，但在讲师示范后，水杯真的凭空移动了。他震惊地意识到，这个世界或许真的存在未被发现的规则。